Interní oddělení PNJ má část lůžkovou a ambulantní.

Lůžkové interní oddělení je uzavřené koedukované oddělení, které slouží pro poskytování diagnostické a léčebné interní péče nemocným ostatních oddělení, kterým nemůže být z důvodu špatného psychického stavu poskytnuta tato péče na příslušném somatickém oddělení spádové nemocnice, ale jejich stav ze somatického hlediska nevyžaduje hospitalizaci na JIP nebo ARO. Ze stejných důvodů může být nemocný na toto oddělení přijat z jiného zařízení, případně i z domácího prostředí. Oddělení je vybaveno centrálním rozvodem kyslíku.

Interní ambulance zajišťuje interní konziliární služby pro hospitalizované pacienty na jiných odděleních PNJ.

Metabolická poradna je ambulantní část, která slouží pro nehospitalizované pacienty, specializuje se na cukrovku a poruchy krevních tuků.